Oorspronkelijk bestaat De Kilsdonkse Molen uit twee watermolens. Pas later ontstaat de unieke combinatie van een watervluchtmolen met een watermolen. De ene molen, uitgerust met een wiekenkruis en een waterrad, maalt koren tot meel. In de andere molen wordt uit zaden, olie en veevoer geslagen.

In 1880 worden op last van de overheid de waterraderen verwijderd. De raderen zorgen voor opstuwing van het water en daarmee voor wateroverlast voor de boeren in de omgeving. Vanaf dat moment kan er alleen nog met windkracht koren worden gemalen. Later wordt ook het wiekenkruis vervangen door een oliemotor en wordt de molen door de jaren heen verder gemoderniseerd.

Door het verlies van haar oorspronkelijke functies, worden de onderdelen van de molen langzaamaan een schim van wat zij ooit waren. Het verval treedt in. Wat overblijft, is een deel van de romp van de korenmolen en het gebouw van de oliemolen.

De Kilsdonkse Molen komt pas veel later weer tot leven. Als uit onderzoek blijkt dat het mogelijk is om de molen in oorspronkelijke staat terug te brengen. In 2003 start de restauratie en reconstructie. Op 8 mei 2009 worden beide molens door Zijne Koninklijke Hoogheid Prins Johan Friso in bedrijf gesteld.

Dit was mogelijk dankzij vele subsidies, fondsen en sponsoren, in eendrachtige samenwerking met Waterschap Aa en Maas. Zo is een cultuurhistorisch en industrieel uniek stuk erfgoed behouden voor volgende generaties.

Het hele verhaal van De Kilsdonkse Molen is vastgelegd in een prachtig boek.